Фумигационный отряд создан в 1962 г. Госинспекцией по карантину растений Министерства сельского хозяйства СССР, Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации № 735 от 14 мая 2003 г. переименован в Федеральное государственное унитарное предприятие «Республиканский фумигационный отряд», Распоряжением Правительства Российской Федерации № 1592-р от 26 июля 2016 г. изменена организационно-правовая форма на Федеральное казенное предприятие «Республиканский фумигационный отряд»